カーフェリー事業や船舶リース業を営んでいた宮崎カーフェリーと、関連の宮崎船舶（有）は、１１月１４日、地域経済活性化支援機構（REVIC）の再生支援が決定した。今後、特別清算を申請する予定。
宮崎カーフェリーは、経営難に陥っていた（株）マリンエキスプレス（平成１７年１２月特別清算申請）の事業を継承する目的で設立。平成１６年８月、マリンエキスプレスが運航していた４航路のうち、大阪航路と貝塚航路を譲り受け、営業を開始した。
平成１８年３月期には売上高約６０億５２００万円を計上。しかし、マリンエキスプレスから事業を譲り受けるにあたって従業員の労働債務等を引き継いだため、当初から大幅な債務超過に陥っており、燃料費の高騰などにより赤字経営が続いていた。このため、バンカーサーチャージ（燃料油価格変動調整金）の導入や、債権者からの一部債務免除を受け累積赤字を圧縮したほか、２６年１０月に大阪南港発着から神戸港発着に変更するなど収支改善に努めていた。
しかし、宮崎船舶から賃貸していた２隻の船舶は建造から２０年以上が経過し老朽化が進行。新船建造には１隻あたり約７０億円の費用がかかるため、この資金調達が課題となっていた。多額の債務償還のめども立たないことから、金融機関などとともに地域経済活性化支援機構に支援を申し込んだ。
宮崎船舶は、マリンエキスプレスが所有していた４隻の船舶を譲り受け、マリンエキスプレスと宮崎カーフェリーに裸用船契約（乗組員のつかない船舶そのものの貸借を内容とする契約）で賃貸していたが、多額の負債を抱え債務超過に陥っており、同様の措置となった。
今後は、宮崎カーフェリーは会社分割により３０年３月までに宮崎県や地域経済活性化支援機構、地元金融機関などが出資する新会社に事業を譲渡。船舶を保有する宮崎船舶は船舶２隻を新会社に譲渡する予定となっている。
東京商工リサーチによると、負債は、宮崎カーフェリーが約１５億７６００万円、宮崎船舶が約７３億５６００万円、２社合計約８９億３２００万円（平成２９年３月期決算時点）。
なお、現在もフェリーの運航は継続中。2社は今後、各々の事業を地元の自治体や企業、REVICなどが出資する新会社に分割譲渡のうえで解散し、金融機関からの債務免除を受けるために特別清算を申請する予定。